Vuosikokous päättää Pipliaseuran työn keskeisistä linjauksista. Seuran sääntöjen mukaan vuosikokouksessa käsitellään tulevan toiminnan suuntaviivat ja toimintaperiaatteet. Käytännössä tämä tarkoittaa seuran strategian vahvistamista. Vuosittain esitetään kertomus seuran toiminnasta edelliseltä vuodelta ja päätetään tilinpäätöksen vahvistamisesta ja vastuuvapauden myöntämisestä.

Vuosikokous asettaa hallituksen vaalia valmistelevan vaalitoimikunnan ja valitsee sen valmistelun pohjalta hallituksen jäsenet. Hallitukseen kuuluu kuusi Suomen evankelis-luterilaisen kirkon jäsentä ja kuusi muiden kirkkojen jäsentä.

Vuosikokous valitsee myös seuran tilintarkastajan sekä päättää hallituksen ja tilintarkastajien palkkioista. Tarvittaessa vuosikokous päättää myös kunniajäsenten kutsumisesta.

Vuosikokouksessa käsiteltävät asiat valmistelee seuran hallitus.